由于魔墙人偶抽中了大奖，小智和妈妈便前往阿罗拉地区度假。小智将自己在卡洛斯地区收服的宝可梦交给大木博士，并从大木博士那里获得了一个蛋，大木博士吩咐小智将蛋交给自己的堂兄成也・大木进行研究。小智前往阿罗拉地区后，误打误撞地被当成宝可梦学校的学生，并认识了水莲、莉莉艾、玛奥、卡奇和马玛内。小智被阿罗拉地区的宝可梦和风土人情所吸引，决定留下来体验校园生活，他同时也获得了美乐美乐岛的守护神卡璞・鸣鸣赠与的z手环与电z。后来，小智了解到阿罗拉地区特有的诸岛巡礼，并决定参加以拿到新的z纯晶。小智通过了葱郁洞窟的考验，并获得霸主宝可梦猫鼬探长赠与的一般z，也因帮助居民赶走了作恶的阿罗拉的样子的小拉达和拉达从君莎小姐那得到了感谢状。其后小智战胜了哈拉，突破了大考验，哈拉本想赠与小智格斗z，然而卡璞・鸣鸣却把格斗z换成了电z，小智也因此再一次得到电z。小智来到马玛内的家中特训，在听取马玛内意见的特训起到效果后，授予z手环的卡璞・鸣鸣再次出现了，小智再战卡璞・鸣鸣，但未分出明确胜负。之后，在某次的机缘巧合之下，他和皮卡丘在无人岛宝物岛遇上了阿卡拉岛的守护神－卡璞・蝶蝶。小智也认识了美乐美乐岛上的火斑喵和年迈的长毛狗。由于长毛狗的病情加重，小智把它送到了宝可梦中心，但不久后小智重新回到宝可梦中心时却发现火斑喵和长毛狗已经离开。小智来到火斑喵平时的住处，但只有火斑喵独自在那里，火斑喵因为长毛狗的离开情绪低落，一直不理睬小智，然而在小智的努力下，火斑喵开始变得开朗起来，并加入了小智的队伍。
小智也收服了原本由库库伊博士照顾的岩狗狗。后来，小智认识了格拉吉欧并与之进行对战，但由于一些原因两人未能分出胜负。小智也目睹了岩石属性的z招式－毁天灭地巨岩坠，并听从了格拉吉欧的建议，决定去挑战阿卡拉岛的大考验。
小智和同学们在阿卡拉岛的岛屿女王丽姿和库库伊博士的带领下前往阿卡拉岛进行户外课程。小智也突破了树荫丛林的考验和丽姿的大考验，得到了草z和岩石z，并目睹了他的岩狗狗进化成为黄昏的样子的鬃岩狼人。户外课程结束后，小智和同学们回到了美乐美乐岛，但接着他们又因宝可梦学校成立20周年纪念典礼来到关都地区，而小智也因此与小霞、小刚重逢。在华蓝道馆，小智与小霞认真进行了一场道馆对战，最终他和皮卡丘使出的终极伏特狂雷闪击败了小霞的超级暴鲤龙。回到了阿罗拉地区，某日小智在梦里与索尔迦雷欧和露奈雅拉进行了一个“约定”。在去学校的路上，小智追着皮卡丘进了树林后看到了卡璞・鸣鸣，并在它所处的草丛里发现了正在睡觉的小星云，之后小智便负责照顾小星云。然而，以太基金会的分部长扎奥博为了能在基金会得到权力，他展开计划诱拐了小星云，并利用小星云的力量重新运作四年前被封印的机器。小智和同学们发现小星云不见后连忙赶去营救，虽然小星云被成功救出并进化为科斯莫姆，但究极之洞依然被打开，从洞中出现的虚吾伊德带走了露莎米奈。于是小智一行人为了解救露莎米奈而来到日轮祭坛，但等待他们的并非传说中的宝可梦索尔迦雷欧而是阿罗拉地区的四位岛屿守护神。在惊讶的小智一行人面前，它们首先展示了小星云的来历，随后站在基座上汇集能量，让小星云进化为索尔迦雷欧。在小星云进化之后，天空飘下了索尔迦雷欧z，而小智的z手环也在四位守护神的帮助下升级为了z强力手环。随后，小智同小星云一起使出了日光回旋下苍穹，并与同学们以及格拉吉欧乘着小星云进入了究极空间。而在究极空间内，小智和皮卡丘使出千万伏特击败了控制露莎米奈的虚吾伊德，使露莎米奈从虚吾伊德体内被释放。解决了究极异兽事件后，小智和同学们参加了库库伊博士和芭内特博士的婚礼，在露莎米奈的拜托下组成究极防卫队，并与小星云分别。
小智和同学们成功遣返了不少从究极之洞来到阿罗拉地区的究极异兽。其中有只究极异兽－毒贝比也来到了阿罗拉地区，究极防卫队决定在找到通往其所在地的究极之洞之前，由小智收服这只毒贝比。某天阿罗拉地区里的成年人都失去了精神，究极防卫队开始寻找其原因，途中奈克洛兹玛追著露奈雅拉从究极之洞来到了阿罗拉地区，并吞噬了露奈雅拉。后来小星云及时赶到，救出了露奈雅拉，但自己却被奈克洛兹玛吞噬并带离阿罗拉。究极防卫队将负伤的露奈雅拉带回治疗。露奈雅拉苏醒后，带著究极防卫队前往究极之洞寻找小星云，他们来到了毒贝比所在的世界，并从毒贝比的亲人四颚针龙口中得知奈克洛兹玛是阿罗拉传说中的“光辉大神”失去光的样子。因为奈克洛兹玛失去了光，毒贝比的世界陷入黑暗，所以小智的毒贝比为了替其他毒贝比寻找合适的居住地方离开了这个地方。。
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