陪同小豪前往赛罗岛寻找梦幻的小智，不小心和小豪一同坠下瀑布，醒来后发现是超梦见过了他。在小豪对超梦表达了自己想要了解梦幻，并打算收服超梦的梦想后，小智也打算和超梦对战，最终小智和小豪双双落败，被超梦送回了樱木研究所。
接著小智在宝可梦世界锦标赛中，陆陆续续的打败许多训练家包含源场、凛斗以及曾经和小智一起旅行并位于合众联盟冠军的艾莉丝后成功晋级高级级。从那之后，小智开始戴上z招式以皮卡丘为首打败电次赢下高级级的首胜。随后，小智为了帮助路卡利欧得到超级进化，于是前往卡洛斯地区的娑婆道馆从可尔妮处获得钥石，并转往超级岛与路卡利欧经历冒险打败假冒超级进化仙人的可可布尔后获得路卡利欧进化石，不久之后，小智紧接著收到与彩豆对战通知，而动身往伽勒尔地区的溯传竞技场，双方彼此介绍6只宝可梦，并表示与彩豆的第三次对战双方将拿出全力，第二天正式进行对战，最终小智以超级进化的路卡利欧打败彩豆的超极巨化怪力赢下高级级的第二场胜利。之后，小智得知耿鬼能超极巨化消息，于是来到溯传镇的幽灵道馆找欧尼奥，后来在欧尼奥的帮助下，小智采用3个极巨菇菇，成功熬成极巨汤后，使耿鬼超极巨化成功。几天后，小智为了和玛俐进行高级级比赛，他先遇上呐喊队给出的错误地点，来到尖钉镇道馆遇上玛俐的哥哥聂梓，在聂梓得知事件后他帮助小智赶到正确的比赛地点宫门竞技场之后，与玛俐开始进行正式对战，最终小智以超极巨化耿鬼战胜长毛巨魔赢下高级级的第三场连胜。隔天，小智因为睡过头，错过和小豪的旅行，在小智急忙赶过去时，他因为打听到丹帝在附近对战消息，而忘记小豪转往比赛现场看著丹帝对战，结束后丹帝也邀请著小智一起特训。
小智得知下个高级级对手是四天王朵拉塞娜后，来到卡洛斯地区密阿雷市和希特隆他们赴约特训，隔天，小智派出葱游兵和鳃鱼龙两只宝可梦阵容单打朵拉塞娜的音波龙和超级进化的七夕青鸟对战，最终小智战胜进入到第9名。和希特隆告别后，小豪因为对七夕青鸟收服感兴趣，而转往到丰缘地区，后来得知小春参加华丽大赛后，和小豪前往水静市，但途中却遇到对小智关注世界锦标赛的米可利想和小智对战，导致错过华丽大赛观看，傍晚，小智来到码头离开丰缘地区时，和小春在旁的莎莉娜重逢，他主动告诉莎莉娜自己参加世界锦标赛目标想成为最强，于是莎莉娜正为了小智一起定下最强目标，向小智加油。
在路卡利欧与甲贺忍蛙！命运的波导!!中，小智收到大师换位战消息，得知下场对手是奇巴纳，于是小智积极著特训，而小智的路卡利欧也很兴奋得拉拢小豪的闪焰王牌特训，在小豪的呱呱泡蛙进化成呱头蛙后，小智想起他自己也有收服过一个，个性和路卡利欧很像的甲贺忍蛙，之后小智打算带著路卡利欧来到卡洛斯森林处见到了甲贺忍蛙并展开特训后，也让路卡利欧学会巨大波导弹，接著和甲贺忍蛙告别后，在vs奇巴纳！八大师争夺战!!中，来到伽勒尔地区的拳关竞技场与奇巴纳进行大师锦标赛，小智先后派出的是快龙、耿鬼和路卡利欧，而奇巴纳派出沙漠蜻蜓、黏美龙和铝钢龙，本来小智主要在这场为路卡利欧用上超级进化，但后来起初快龙先被打败，而耿鬼陷入苦战之时，小智灵机一动临时改用超极巨化战术，击败沙漠蜻蜓与黏美龙同归于尽，最后剩下路卡利欧和铝钢龙一对一，奇巴纳打算快速了结，直接给铝钢龙进行超极巨化，后来在小智冷静的情况下，和路卡利欧同步使用巨大波导弹，成功战胜奇巴纳的铝钢龙。最后升上大师级第8名，成为八大师之一，并公开得知八大师全员已经大师锦标赛即将开幕的事。
之后在莫恩与莉莉艾，雪原的重逢至凯旋！阿罗拉冠军!!中，小智等人来到王冠雪原遇见莉莉艾一家和莫恩的事件，结束后与莉莉艾一家回到阿罗拉地区庆祝欢迎会，期间，被阿罗拉同学们鼓励升上八大师的事。后来和卡奇、格拉吉欧以及库库伊博士的皇家对战中，得到阿罗拉全民观众呼喊冠军，同时卡奇、格拉吉欧为他在大师锦标赛鼓励和加油的欢呼后，让小智深深感动。清晨，小智在海边时遇见前来的卡璞・鸣鸣，并得到它的祝福和支持，让小智期待著大师锦标赛。
最终测验！收服雷吉艾勒奇跟雷吉铎拉戈!!至炎之特训对战！小智vs真司!!中，小智在樱木公园为即将到来的大师淘汰赛特训。期间接到大木博士的电话，让他回到大木后院。小智便回去了，与宝可梦们见面。这时，真司出现。提议用不替换的3对3战斗。小智同意了，真司派出3个大师参赛者的王牌特训小智。最终小智2:1战胜真司，之后真司告别了小智、博士。
开幕！大师淘汰赛!!至vs竹兰！艾莉丝通向龙之大师的道路!!中，小智抵达伽勒尔地区，并与丹帝的弟弟赫普对战，随后与赫普在观众席观看了大师淘汰赛前3场。当艾莉丝打输后，小智在选手走廊见到哭泣的艾莉丝。
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